Eesti Diabeediliidu (EDA) kõrgeimaks organiks on üldkogu, mis moodustub kõikide EDA liikmesorganisatsioonide esindajaist. Üldkogu koguneb vähemalt 1 kord aastas. Üldkogu valib üldkogu koosolekul 4 aastaks 4 liikmelise juhatuse ja revidendi/revisjonikomisjoni. Juhatus nimetab oma liikmete hulgast presidendi. Juhatuse funktsiooniks on EDA tegevuse koordineerimine üldkogude vahelisel perioodil. Juhatus võtab tööle juhataja kelle ülesandeks on kogu EDA tegevuse igapäevane juhtimine.
EDA juures tegutseb ajakirja Diabetes toimetuse kolleegium, EDA ekspertkomisjon ning vajadusel kaasatakse erinevaid projektijuhte ja eksperte.